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急速扩张的軍队规模有一个隐患，那就是军官严重缺乏，尽管大量任命那些自己带来人手的天地会头目，建立起组织架构，但要把这些人训练成軍队，技术军官的数量就完全不够了。
周琅的第一批手下官职几乎是用飞升来形容，基本上三十个最早跟他的核心士兵现在都成了基层军官，赵文、马大雷、陈逆直三人都升为了千总，三个跟随自己最早的天地会成员，魏连理、陈小手和洪九指也因为招募人员有功，升为了千总。
这些已经接受过雇佣兵军官训练过的军官，现在则开始用学来的经验训练他们的手下。但大多数中下层军官，还是那些自带人手过来的天地会头目，他们完全不懂如何训练士兵。
这时候科林手下那些当地华人士兵就成了周琅心中的香饽饽，这些人已经在科林手下训练了一段时间，其中不少人的军事技能已经有一定水准，把他们拉来充任底层军官，就能解周琅的燃眉之急。
而这些人还真的越来越希望投效周琅，因为他们亲眼看到周琅将那些带着人投效的天地会兄弟都任命做了军官，而他们在科林手下却依然只是一个小兵，眼看着别人可以去当官，自己却只能当小兵，一个个就越发的急迫。
可周琅却不愿意把这些人挖过来，第一这会造成跟科林的直接冲突，他现在还用得着科林，而且随着自己手下实力的增强，科林对他的威胁下降，除掉科林也就没有那么急迫了；第二周琅还需要这些人留在科林手下，这样在日后他跟科林翻脸的时候，更容易打垮科林。
为了安抚这些急切的想要当官的天地会头目的心情，防止他们无法在周琅这里得到想要的前程的情况下，脑子一热跑去投靠陈周全，周琅让魏连理出面，秘密向他们许下承诺，根据他们现在的地位，将其中十多名骨干任命为把总，大头目更是任命为千总。这样一来，他们投靠陈周全的可能性就大大下降，因为毕竟陈周全无法给手下支付丰厚的军饷。仅仅许诺官职还不靠谱，随着科林对中国文化的熟悉，谁也不敢保证能不能把他们拉过去，毕竟英国人拉拢印度土兵的手法实在是太成功了。
所以周琅还打算给他们发一份额外的军饷，按照官职大小，他们不但从正规渠道领取军饷，还可以从周琅手里领取一份补贴，但目前还不敢这么做，一旦被可怜察觉，一定会认为周琅在收买他手下的士兵，提前让他产生防范，那么科林手下士兵的天地会化就没那么顺利了。
本来可以让科林派一批雇佣兵的，但这个方法目前也行不通，因为科林借口大量雇佣兵军官生病，可实际情况则是科林跟周琅之间的矛盾又一次激化了。
矛盾激化，表面上是因为科林对周琅一直留在凤弹汛招募士兵，耽误了去接收那些划归公司的港口，事实上科林在看到周琅手下快速增强的实力，开始有些忌惮了。除非周琅愿意将这些士兵的指挥权交给科林，可今时不同往日，此时已经不是在左营的时候了，那时候周琅手下没人，科林掌握着军事力量我行我素；现在周琅以六十多个从南洋雇佣来的华人为班底，有能力掌握更大的军事力量，所以以缺乏翻译为由，根本就没跟科林商量，就将这些士兵单独编制。
科林完全插不上手的情况下，让他的手下帮忙训练这些士兵，那简直就是帮对手磨刀，他当然不愿意去做了。
不过技术军官的缺乏，也不是不能解决，只要是人的问题，都能通过主观能动性解决。周琅采取了先训练军官，然后让军官去训练士兵的做法。采取以点带面，最后全面铺开。
可物质的缺乏，就是真正的缺乏了。从印度离开之前，周琅采购了数百只赫贝斯步枪，经过打仗和训练，现在还能正常使用的，只有五百只。科林手下的雇佣兵和华人士兵，以及周琅手下早期那六十多个士兵，现在的军官，基本上就瓜分完了这批武器，导致新招募的人手连武器都没有。
装备问题极为紧缺，只能暂时雇佣铁匠打造冷兵器装备士兵。但这显然不符合周琅打造军事力量的标准，他可是一直将东印度公司，将西方军队看作他未来的潜在对手的，因此他的軍队必须装备这个时代最先进的武器装备。
只希望哈拉尔明年回来的时候，能够带回来自己需要的武器，同时周琅已经开始找当地铁匠试制赫贝斯步枪了，只要能仿制出来，性能差一些也能接受，毕竟这是零跟一的区别，总好过没有的强。
人力上缺乏足够的军官，物力上武器严重缺乏，这让周琅不得不在十天之后，暂停了招募士兵的行动，跟科林商议出兵事宜。
让科林派遣雇佣兵帮忙训练士兵科林借口雇佣兵大半生病，但跟他商议出兵夺取优良港口的问题，他却决口不提这些困难，似乎这些困难并不是难以克服。
跟科林商议之后，还是以科林手下的雇佣兵加上三百个华人士兵为主力，向打鼓港发动进攻。
根据目前的情报，打鼓港的防御力量，并不是如陈光辉说的那样空虚，因为防守打鼓港的打鼓汛和岐后汛这两个汛地的士兵并没有被凤山县抽调，不是凤山县不想抽调，而是这两个汛属于海防汛，不归凤山县绿营管辖，不管是南路营的参将，还是巡检司都无法调动，他们归台湾水师管辖。
两个汛汛地位于打鼓港南北两个海岬，高居悬崖，地势险要，而且修筑有炮台，各有炮台一座、烟墩三座、望高楼一座。而且修筑有城池，早在郑成功时代就修建了海防要塞，著名的雄镇北门就是打鼓汛的炮台。
雄镇北门和岐后汛炮台，牢牢的锁住了港口，两汛驻扎的士兵有三四百人之多，跟科林兵力相当。
但清军的腐朽不止是陆军，水师同样腐朽，甚至尤甚。历史上十年之后海上巨寇蔡牵就从海上攻陷了这里，还一路杀到了凤山县城。而现在科林是从他的腹背进攻，设计来防御海上威胁的海防要塞完全没有发挥作用，只用了一天时间就被科林攻下，不过这次终于有了死伤，依然带头冲锋的雇佣兵有十人被打死，华人士兵也伤亡了十余人。
造成这种结局的原因，并不是水师的战斗力就强于绿营，更多是因为海防汛地被陆地后方进攻，往往意味着守军陷于死地，因此做了困兽之斗，不像绿营陆军，有逃跑的可能。另外就是，华人士兵的指挥问题依然没有解决，出现了执行作战命令混乱，战斗意志也很有问题，冲锋的时候拖拖拉拉，队形混乱。
但到底还是打下来了，打下打鼓港之后，这里就成了目前中国（东印度）公司最有价值的资产，天然深水良港，加上科林发现自己手下并不是那么可靠之后，请求周琅派更多的人来驻守。
周琅一直留在凤弹汛，接到消息后，整顿軍队开始撤离这里。不撤离也不行了，由于长时间驻扎在凤山县城城外，已经导致跟城里的陈周全天地会势力出现了冲突。要不是凤弹汛的地形较为坚固，周琅到来给陈周全解了围，双方也约定结盟，加上台湾府清军的压力，没准陈周全早就来打凤弹汛了。他已经多次派陈光辉来催促周琅，要周琅将軍队调到沿海。对方的口气一次比一次生硬，周琅再不行动，双方关系破裂就是迟早的事情。
所以周琅招够了人马，立刻就开始行动。
对此，凤山县的陈周全非常满意，还派人送来了两千担粮食作为路上的军粮，但等周琅将三百人派去打鼓汛，三百人调回左营驻守，只剩下不到五百人的时候，陈周全却派人来联系，希望周琅不要走了。
本来周琅在凤弹汛招兵买马，一直都让陈周全十分顾忌，因此已经让陈光辉多次交涉，希望周琅尽快去攻打沿海地区，突然又请求周琅不要走，自然是因为发生了变故。
清军的援军到了！
清军马步军共计三千，从台湾府城而来。
陈周全起先并没有当回事，因为他最近势力膨胀的比周琅还恐怖，他是正印的天地会首领，在凤山县起事之后，就像当年林爽文起义一样，天地会会众争先响应，攻占凤山县城之后，不到十天时间，他就招募了五千兵马。
然后陈周全开始发兵四野，到处攻城略地，凤山县清军各处汛地望风而逃，一时间整个凤山县几乎被陈周全掌控，周边地区的天地会势力纷纷前来投靠，甚至北边的台湾府都有天地会成员来投靠，但也因为北边就是台湾府，导致跟嘉义县、彰化县等地的天地会无法联系起来，否则陈周全的势力发展恐怕会更大，就这样手下兵马也达到了一万多人。
所以陈周全意气风发，当得知清军援军到来后，他并没有担心，而是让手下大将黄朝带五千人马前去阻拦，结果在兰坡岭、石井汛先后被击败。
陈周全增派援军五千，让陈光辉带领，以总兵力八千跟清军在小店仔汛决战。可这次八千天地会起义军竟然再次败于三千清军之手。
小店仔是一处舖舍的名字，说文解字中，“舖”字的部首为“舌”部，因此这个字是有传递信息的意思的，舖舍合在一起就是传递信息的建筑，事实上舖舍就是所谓的驿站。但跟驿站不同的是，不负责有接待职能，单纯用来传递消息，而且还是军事消息。按照规制，十里为舖，舖兵五人。凤山县因为多是山地，所以没有安置目兵，而是雇佣当地番人，不给他们提供工食，只给一些火炬银。
像小店仔这样的铺设，从凤山县一路到台湾府，一共有六个。最靠近县城的叫做县前舖，之后是观音山舖，紧接着就是小店仔舖，因此清军抵达小店仔舖，意味着清军距离县城已经不远。
并且由于这些舖舍都是建立在官道上的机构，这也意味着通往县城的道路基本被打通了。
陈周全残余兵力依然超过一万，可是他的心态已经完全被打崩了，这才请周琅留下助他退敌。
周琅也终于感到事态严重，没想到清军竟然这么能打，让他一时摸不准府城精锐标兵的底细。
连忙派人去打鼓汛通知科林，要他带兵回来准备决战，说到底科林手下那三百多华洋混杂的，装备赫贝斯步枪的士兵，才是真正有战斗力的軍队。