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随着时间一点点的消磨，最后跟着倒计时，轩辕擎天，以及携带的三名手下，酒香儿，花香儿，和饭香儿一起化作一道亮光，消失在原地不见了踪影。
玩过虐杀原型2都清楚，开局讲的是j哥原本有个温馨的小家庭，过着老婆孩子热炕头的幸福生活,但是这一切都被所谓的“莫瑟病毒”的爆发被打破，在海外服役的j哥回家后发现妻女已经被感染病毒的市民所杀，于是j哥认定阿历克斯?莫瑟（也就是被大家所熟知的a哥）为罪魁祸首，发誓要干掉莫瑟报仇。
时间的慢慢推移，并没有因为轩辕擎天他们的到来打断任何剧情，而轩辕擎天和手下的三个女人也不清楚现在自己到底在哪里，于是分头行动。
还好，超能游戏空间系统并没有太恶俗，将轩辕擎天他们带过来就扔到红色被生化生物占领的区域，而是红色区域曼哈顿附近的岛屿上面，也算是不太危险。
而另一边，j叔在目睹莫瑟干掉一架黑色守望者部队的武装直升机后j哥惊呆了，而就在此时一只巨大的变异怪物破土而出，剧情就此拉开，只不过这个时候却不是玩家操纵，也不会有无数条生命复活来供j叔完成任务，获得进化点了。一切的一切都要靠自己的身手和反应能力躲过眼前的巨大危险。不过，显然，本色出演的j叔对这些情况丝毫不乱阵脚，一个加速奔跑躲避掉怪物的攻击。
然而。好不容易躲过怪物的攻击，j哥躲到废墟中刚想喘口气，一只体形较小的怪物从天而降，扑倒j哥。张嘴就咬，身为老兵的j哥很熟练的拔出匕首，猛地刺向怪物，几个来回就干掉了怪物。干掉怪物后j哥找到莫瑟，但不敌实力强悍的莫瑟，并且被莫瑟在体内注入了“莫瑟病毒”，于是j哥就被黑色守望者部队带回了简泰克公司当实验用的小白鼠了！
一切的一切慢慢的延伸，剧情开始展开。被抓走的j哥刚一清醒就面临着数之不尽的感染体，情况非常的危机。
而刚刚进入到游戏位面的轩辕擎天没过多久就接到了游戏主线任务，不过看到这个主线任务的时候轩辕擎天差点没有摔桌子破口大骂。
系统提示：主线任务一：天启者必须获得“亚瑟病毒”。选择条件一：杀掉实力强大的a哥。获得母体病毒。获得母体病毒之后。天启者化身为a哥，阻止j哥所采取的一切武力报复，并且在最终决斗的时候。杀掉j叔。选择二：半个小时找到被抓进实验室的j个，然后吞噬掉宿主基因，并以j哥的身份完成一切属于j哥的任务。
尼玛，可以说两个选择都非常的操蛋，但系统提示已然成为了定局，实在是操蛋不已。将消息共享给手下之后，智囊花香儿给出了轩辕擎天最好的选择。
吞噬j哥，选择第二选项大的原因有三：第一，j哥刚刚获得病毒体，并没有足够的成长。第二。j哥本身就是退伍的老兵，实力方面即使是病毒体附身，也不算特别厉害。第三：现在的a哥处于各方面状态最强的时候，不建议选择，否则有生命危险。没得办法，轩辕擎天只能悲催的听取了花香儿的建议，独自一个人前往目的地。
至于说现在花香儿三人的任务，就是将游戏位面所有任务，生物，生化怪兽，机械，等增幅之后的威力做一个统计，然后依次给予轩辕擎天任务上面最好的建议。
而轩辕擎天自己，早在超能游戏空间系统给出自己任务的时候，就标记了j哥和a哥的方向标，轩辕擎天毫不犹豫的朝着j哥所在的实验室狂奔而去。
被抓住的j哥命运自然是不怎么好，鲁克斯上校认为j哥是个潜在威胁，他不希望再有另一个莫瑟跑来跑去。鲁克斯上校算是一个贯穿整个剧情的人物。在虐杀原型里面，一名黑色守望的指挥官，前期非常嚣张，压根就不知道死字怎么写，明明自己就是个普通人，heller（j哥）变成黑色守望的士兵时常常接到他的命令，而他每次下达完命令都会来一句：“要是遇见heller，直接把他干掉”。他在游戏中的作用就是heller吸收莱利中尉后，基本上变成了heller的情报员，在又一次接触中heller决定把他干掉时，突然发现他也是一个和自己一样有血有肉的军人，有自己的女儿，而且非常爱她，就冲这点逃过了一劫，到后面还帮助heller拯救了女儿。
不过对于鲁克斯上校的命令科尼博士不怎么赞同，他感觉j哥还有利用的价值，只不过，显然科尼博士的话没有起到任何决定性的作用，因为鲁克斯上校已经挥着手下达了命令。
科尼博士在虐杀原型里面也算是任务角色，刚开始被heller当做简泰克的成员抓住，表现得十分怕死，自称自己也反对简泰克和黑色守望的行为，为了活命愿为heller鞍前马后，成为heller的内应，经不住heller的试探露出本来面目。原来他和heller一样，都是进化人，为alex效力，却并非真心，科尼由于某种目的要致heller于死地（不是alex的命令，也许是想让自己更强大），可是他低估了heller的成长能力，很快被今非昔比的heller干掉了。
清除指令一经发出，火焰过后被烧焦的j哥杯具的躺在了地上！而已经在几分钟前悄悄吞噬一个警卫的轩辕擎天却是凭借着文卫卡走了进来。
亲眼目睹了j哥被火烧的一幕之后，轩辕擎天渐渐的从侧门走了出去，没有任何动作。显然，轩辕擎天并不像在这里就动手，毕竟这里是重兵把守的军事基地，绝对不是说走就能走的。所以，轩辕擎天决定等j哥完成了一系列繁琐的事情之后再偷袭，成功拿下j哥身上的亚瑟病毒，看了看时间，大概还有17分钟就到半个小时，17分钟，绝对够了！
虽然用烈火焚烧了j哥，但鲁克斯上校依旧不放在心，派出部下仔细检查j哥的尸体，此时j哥体内的莫瑟病毒发挥了作用，渐渐恢复了意识。睁开双眼的j哥看着手握枪械的士兵朝着自己走来，一个飞身起跳，果断的抓住黑色守望者士兵，成功的吸收掉，补充自身损失的大量鲜血。这一幕却被鲁克斯上校看的一清二楚，他气急败坏的上校放出了全部感染体，只不过正式因为这个决定让j哥拥有了大量的新鲜吞噬目标，将所有的感染者吞噬，补充了鲜血之后，j哥基本上恢复了被火焰烧得坑坑洼洼的皮肉。
j哥一边躲避着火焰攻击，一边查看着周围的所有建筑物，重兵把守的实验室看起来没有丝毫漏洞，周围全都是由钢筋混凝土构造而成，以现在还很虚弱的身体，根本不可能办到摧毁目标物。慢慢的，j哥将视线放到了鲁克斯上校身上，不，是鲁克斯上校面前的巨大观察玻璃窗。一个跳跃，躲过一记火焰，j哥抓住同样由金属构造的试验台。
“啊......”j哥奋力的一声大吼，整个试验台直接与地面来了个大搬家，双手举着笨重的试验台，j哥退后了几步，闪过再次袭来的火焰攻击，积攒力量，然后将手中的试验台狠狠的砸向实验室前的玻璃。很显然，现实当中玻璃也不是那么好砸的，少说也有十几厘米厚的防划玻璃，足足废了j哥九牛二虎之力，来来回回，重复大的砸了数十下，才算是成功。
有了出口的j哥，一个纵跳，很轻松的落在实验台前，然后顺着实验室的通道，一路向西逃窜。来到城市后发现四处都遍布着黑色守望者部队与军队士兵还有不少身着防化服的科学家检查过往人群，j哥小心的都一一避开，只不过，j哥却没有发现一只尾随在身后的轩辕擎天手上正积蓄这闪电能量，即使是在被消弱了十倍，也可以发挥出s级别的威能，要说是j哥没有受伤的话，轩辕擎天还不敢确定，但经历过火烧，感染者，枪击，等等，即使是再强大，也会有虚弱的时候。现实当中并没有什么血量一说，重伤什么的是必然，绝不仅仅是靠吸收一个生命体就可以恢复的。轩辕擎天打的就是这个赌，看了看时间，还有两分钟，应该是足够用了，于是轩辕擎天慢慢的接近了j哥。
奔跑的j哥来到一个平民区，两位街头艺术家正在作画，但是黑色守望者部队小队长看到这种破坏和谐的家伙感到很不爽，正要发作时发现一脸不服的j哥从旁边经过，于是这位自寻死路的小队长叫j哥过来喝杯茶，但是j哥可不这样想。