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之后的事情就简单了，韦明道直接就在地铁站里跟史密斯打了一场，寻机逃离，抢到一个手机联系矩阵外的总机，得到路线指引，却在打开有着电话出口的房门时被神出鬼没守株待兔的史密斯给一枪打懵。
他当然不是真的懵，韦明道只是按照原有的剧本来走。
他需要借助被史密斯这个杀毒程序杀一次觉醒救世主的能力，史密斯也需要被复活后的韦明道杀一次，这样才能成为令矩阵束手无策的超级病毒。
史密斯就是不打头，在韦明道胸膛上将手枪里的子弹打光，另外两个特工赶到，一人摸了摸韦明道的颈动脉。
“死了。”
三人转身，轻松离开。
矩阵之外，尼布甲尼撒号此时已经被机器乌贼突入，情况十分危急，崔妮蒂守在韦明道身体旁，见监控上心跳停止，红着眼吻下“你不会死的，先知说我爱的人是救世主，我爱你，你就是我的救世主，醒过来尼奥。”
矩阵内，韦明道忽然睁开眼，起身，迎着听见动静的三个黑衣特工诧异的眼神，踏步走来。
三个特工整齐划一地举枪射击，所有子弹却被韦明道一只手停在身前，叮叮落地。
三个特工傻眼，整齐划一地放下枪。
史密斯踏步上前应战，韦明道按照剧本一个冲刺，直接钻入史密斯体内，篡改史密斯的程序将其杀死，炸成碎片乱飞。
而此时已经觉醒数据视觉的韦明道完好无损地出现在史密斯所站的地方，看向两个目瞪口呆的特工。
两个特工忙转身就逃。
寻思着刚才入侵史密斯的程序的收获，韦明道抓紧时间转身进入房间接起电话离开矩阵。
……
离开矩阵后，第一部的剧情基本结束，韦明道终于迎来一段平静的生活，或许是因为他这次是实体投放的原因，并没有像之前生化世界第一部剧情结束就回归。
韦明道对此也并无不满，他也不想那么麻烦地让这个世界再拖住他后面两个世界的机会。
一次性将黑客帝国三部曲全部弄完十分符合他的心意。
平静的生活有着不平静的火花，和崔妮蒂终于情投意合合情合理住到了一起。
两人感情迅速升温，韦明道也终于开始常常做一个梦，崔妮蒂高空中枪坠落的梦。
这让他意识到，平静的生活如此短暂，第二部的剧情即将或者说已经开始。
果然，这天他和崔妮蒂跟随墨菲斯参加在矩阵内的人类阵营会议。
得知锡安只剩下七十二个小时，二十五万机器乌贼正在向着锡安赶来。
墨菲斯正在说话，韦明道忽然预感到什么，虽然预感模糊不清，但他知道是特工们来了。
当即回复询问的崔妮蒂“没事，我去看看。”
随后快步上楼，来到门后，一位其他飞船的战士正对着门上小窗口外说话。
史密斯！
韦明道心头一跳，终于等到你！
当即上前拉开战士“你们快走，特工来了！”
随后打开门，史密斯有些懵，他就是来送个信封嘲讽一下和宣告一下自己的归来并表达一下对安德森先生的感谢，没想到安德森先生原来也对与自己的重逢这么开心？！
韦明道二话不说，右手铁钳一般死死扣住史密斯的手臂，左手直插其胸膛，数据视觉之中史密斯浑身上下的代码正快速流动。
上次入侵并消灭史密斯时他只得到杀毒程序的代码，现在的史密斯是被他救世主代码污染后变异的病毒程序，其代码更加复杂和神妙了。
而这正是韦明道想要的！
随着大脑飞速运转，结合从未丢下的黑客技术，韦明道飞速依照史密斯的代码修改自身代码，只是一眨眼的时间，他便获得了史密斯复制自身的功能。
在史密斯惊恐的眼神注视下，韦明道的左手如水银般弥漫扩散，逐渐笼罩史密斯全身。
这时三个特工到场，见到这诡异场景，立即拔枪射击。
韦明道丝毫不管，全力同化史密斯，飞来的子弹便自行在距离自身半米处滞空停下。
三个特工虽然不太理解此时发生在韦明道和史密斯身上的事情，但很果断，丢了枪捏着拳头便冲过来要近战。
我们三个打一个还打不过？！
他们想错了，还没等他们冲到跟前，韦明道收回左手放开右手，对面的史密斯已经被完全同化，变成了第二个韦明道。
两个救世主，双倍的快乐！
韦明道嘴角勾起，向着复制体点头“交给你了。”
复制体扭扭脖子，无所谓道“你走吧。”
不理会复制体与三个特工的战斗，韦明道体验着此时奇妙的状态，联系上总机要出口，得到地址后边赶路边寻思。
“不同于史密斯本身就是纯程序没有肉身，我有肉身，复制后复制体也不是独立存在，仍与我的本体有着联系，只要在矩阵之内我都能随时联系上复制体。”
“果然是病毒，我的代码现在也是病毒了。”
“下一个目标，先知和她的保镖，那个金色代码构成的程序，他的形象应该也不是常威。”
定下下一步计划，韦明道离开矩阵，乘着尼布甲尼撒号回到锡安，也不必安排新的住房，他直接住进了崔妮蒂家中。
不理会墨菲斯去和高层开会，韦明道仗着救世主的身份，找到相关人员要求学习锡安所有技术、技能。
他的学习态度太端正，学习欲太强烈，锡安的大派对活动都不参加，抓紧时间将所有能找到的只是灌输到脑袋里。
直到墨菲斯召集船员出发，韦明道才停下学习，将没学完的磁盘都带上，在船上继续学！
实在是时间不多了。
当尼布甲尼撒号即将离开锡安时，周兆竟然找了过来，他被韦明道丢下后直挠头，最后不知道怎么被另一艘飞船带出了矩阵。
这次找过来是想加入尼布甲尼撒号一起行动，韦明道暗中给墨菲斯使了眼色，墨菲斯收到，很果断坚决地拒绝。他墨菲斯是挖其他飞船船员的人？！